La ECHO interviene, salvo excepciones, a través de sus colaboradores. Entre los más importantes destacan las Organizaciones Humanitarias con gran experiencia, tales como las Organizaciones No Gubernamentales (ONG´s) y las Instituciones de Naciones Unidas.
Las relaciones entre la ECHO y sus colaboradores están regidas por un Contrato Marco Partenariado (CMP) donde se definen los roles y responsabilidades de cada una de las partes para las operaciones de ayuda alimentaria financiadas por la U.E.
Las ONG´s españolas colaboradoras con la ECHO se pueden encontrar en la dirección de internet: www.europa.eu.int/comm/echo/en/partners/partners2.htm enlace "Spain".
La mayoría de los fondos para financiar las acciones de la ECHO proceden del presupuesto comunitario, siendo otra fuente de financiación el Fondo Europeo de Desarrollo. Aproximadamente el 50% de las ayudas es distribuido por organizaciones no gubernamentales (ONG) y el 24% por los organismos de Naciones Unidas.